水利部调查显示，我国流域综合规划缺位问题比较严重。西南地区的一些重要跨国河流和南方的一些重要江河，地方或电力行业布点大力开发水能资源时，水利部门没有流域综合规划作为依据，难以就防洪、水资源利用以及生态保护等问题提出权威性意见，造成一些地方和行业“跑马圈河”，无序开发水电。

      一些流域规划的内容已经不能指导或约束当前的流域水事活动。上个世纪９０年代批复的长江流域综合规划预计到２０００年长江干流城市工业废水排放量为７８亿立方米，但２０００年实际排放量已经达到２１６亿立方米。１９９３年批复的海河流域综合规划预计到２０００年流域水资源开发利用程度为６０％，但目前已经超过１００％，现有的流域综合规划已经难以对流域水资源的开发利用和保护进行指导。

      此外，现行的流域综合规划已不能正确反映当前流域环境和经济社会状况的变化。全球气候变暖影响到流域洪水和干旱形势，大规模的人类活动对流域植被、湖泊、湿地等的影响也十分明显。２００６年我国国民生产总值达２０万亿元，流域今天面对的经济规模是上一轮修编时的２０倍，水资源和水环境的承载能力受到严峻挑战。

    矫勇说，中央关于科学发展观和建设社会主义和谐社会等一系列重大战略思想，尚没有及时充分地体现在流域综合规划中。许多重要河流河段至今没有批复的流域综合规划，要么规划内容不完善，难以作为执法依据，导致近年来水利机构对流域内一些重大涉水项目难以发表权威性意见，工作陷入被动。

    对于１５年来的再一次流域综合规划修编，目前水利部已经作出安排，将坚持以科学发展观为统领，以维护河流健康，保障水资源可持续利用，支撑流域经济社会可持续发展作为规划修编主线，从现在开始争取用３年左右的时间完成７大流域综合规划修编工作任务，同时在规划中划定保障流域可持续发展不可逾越的底线或红线。