上个世纪80年代以来，由于党河流域平原区水资源开发利用程度逐年提高，使地表水入渗量大为减少。作为敦煌生态变化晴雨表的月牙泉，从1987年到1997年的10年时间里，月牙泉水域面积由13.5亩减少到8.5亩，最深水位由4.2米下降到2.0米。2006年4月25日，甘肃省地质环境监测院专家经实地监测，月牙泉水位高程比2005年同期又下降了19.5厘米。

    面对持续下降的水位，敦煌市曾对月牙泉实施了抢救性的应急治理措施。

    1986年10月至1987年4月，敦煌市对月牙泉进行了第一次淘泉清淤，使泉水面积达到了13.5亩，最大水深达4.2米，平均水深上升到3.5米。从2001年开始，敦煌市又在月牙泉西山800米处和东边500米处建起了两座渗水池，每年从党河引水600万立方米进行渗灌补水。

    为了有效遏制月牙泉水位持续下降的势头，敦煌市委托有关部门开展地质调查，通过了可行性研究报告。据了解，这次月牙泉水位下降应急治理工程总投资为4009.38万元，工程在尽量保持月牙泉自然风景区原貌的前提下，采用适当的回灌措施等，以保持和恢复月牙泉湖水水位。